殺菌的原理是在一定溫度范圍內，溫度越低，細菌繁殖越慢；溫度越高，繁殖越快。但溫度太高，細菌就會死亡。不同的細菌有不同的適生長溫度和耐熱、耐冷能力。巴氏消毒其實就是利用病原體不是很耐熱的特點，用適當?shù)臏囟群捅貢r間處理，將其全部殺滅。但經(jīng)巴氏消毒后，仍保留了小部分無害或有益、較耐熱的細菌或細菌芽孢。
巴氏殺菌法的產(chǎn)生來源于巴斯德解決啤酒釀出后變酸的努力。當時，法國釀酒業(yè)面臨著一個令人頭疼的問題，那就是啤酒在釀出后會變酸，根本無法飲用。而且這種變酸現(xiàn)象還時常發(fā)生。巴斯德受人邀請去研究這個問題。經(jīng)過長時間的觀察，他發(fā)現(xiàn)使啤酒變酸的罪魁禍首是乳酸桿菌。營養(yǎng)豐富的啤酒簡直就是乳酸桿菌生長的天堂。采取簡單的煮沸的方法是可以殺死乳酸桿菌的，但是，這樣一來啤酒也就被煮壞了。巴斯德嘗試使用不同的溫度來殺死乳酸桿菌，而又不會破壞啤酒本身。巴斯德的研究結果是：以50~60攝氏度的溫度加熱啤酒半小時，就可以殺死啤酒里的乳酸桿菌和芽孢，而不必煮沸。這一方法挽救了法國的釀酒業(yè)。這種滅菌法也就被稱為“巴氏滅菌法”。
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